缺硼使块根和块茎变色、变形和坏死，不仅作物的质量受到影响，植株也常常枯死。
在田间，缺硼通常会导致胡萝卜表皮下面出现针头大小的浅表性变色斑点。这种淡灰色的不规则斑点通常只在胡萝卜经过蒸汽脱皮后才看到，并且通常通过一般家用削皮方法予以去除。严重的缺硼情况下，主根开裂，而且往往变脆；叶片生长受到影响，变成红色或黄色；在生长点枯死之前，会形成非常小的叶片。
由于节间减少，植物通常会很短。幼叶呈深绿色，小而畸形。下部成熟叶片可能在叶尖和边缘处有灰色、棕色或紫色斑点。树脂可能会从叶柄上的病变处渗出。根系生长将受到抑制。最终生长点会枯死。
缺硼的特点是会导致生长点死亡和黑腐病。在到达这一阶段之前，病变叶片的叶柄可能开裂，叶片小而畸形。在生长点死亡之后，在较老的腋叶中生长出小分枝，冠层很容易变得空洞和腐烂。
缺硼会导致根部变黑色或褐色，这种变色会从叶片向下蔓延到根部中心。
莙达菜缺硼时的根部和叶片症状非常类似于甜菜，与甜菜相比，莙达菜中脉上表皮开裂的情况更为常见。
除了典型的心腐病，缺硼还会出现幼叶死亡、变黑、斑块、叶柄出现伤痕。
幼叶小且很快死去，老叶边缘泛黄，随后变为褐色。叶柄又厚又硬，可能会开裂并弯曲。
研究表明马铃薯缺硼会节间变短，生长减缓，叶片卷曲，缺硼症状很少出现于枝条上。缺硼更容易使马铃薯块根出现褐色坏死性斑块，如出现“内部锈斑”的情况，但这究竟是由于缺硼还是与硼有间接联系，还有待证实。块茎的烹调特性也会受损。
缺硼导致出现内部黑斑；根部或表面出现坏死区，在这些部位，病菌容易入侵，从而导致出现溃烂。坏死区影响甜菜的进一步加工。此外还会有生长点枯死，出现多个菜冠的现象。
根部出现类似被水浸透的棕色区域，这些部位通常位于木质部的外部区域，出现各种病变如“褐心病”、“水心病”和 “心腐病”。在严重的情况下，中央组织可能会损坏，根部变成空心；食物的营养价值降低，根部可能不易咀嚼、多纤维、味苦；质量不佳，受影响的根部由于贮存过程中水分流失而质量减轻。缺硼时通常在叶片上看不到任何症状，根部大小正常，问题只有在收获后才显现出来。
缺硼会导致生长点死亡和黑腐病。在到达这一阶段之前，叶片的叶柄开裂，叶片变小，畸形。在生长点死亡之后，在较老的腋叶中生长出小分枝，冠层很容易变得空洞和腐烂。
在根的肉质部分，特别是在根部周围的形成层附近，出现褐色的坏死区。肉质部分和根部变形，表皮粗糙，质地呈皮革状。严重受影响的根表面溃烂并出现裂隙，上面覆盖有硬化和变黑的渗出物。缺硼的症状通常在种植季的后期出现。番薯藤的端部生长受限，节间变短。随着硼缺乏的恶化，叶柄会卷曲、扭曲，生长点死亡，叶子提前脱落。